Основную ставку противники Союзного государства делают на использование исторически сложившихся противоречий в отдельных регионах государств-участников и их соседей (Абхазия, Южная Осетия, Украина); поддержку извне деструктивных политических сил, экстремистских националистических и сепаратистских движений; провоцирование внутренних конфликтов; попытки втягивания государств в конфликты по периметру их границ и ослабление экономики в локальных войнах и вооружённых конфликтах.